Um método que ajuda bastante para obter apenas os digitos de uma String é o mostrado abaixo:

public Integer somenteDigitos(String str) {
        StringBuilder digitos = new StringBuilder();
        char[] letras  = str.toCharArray();
        for (char letra : letras) {
            if(Character.isDigit(letra)) {
                digitos.append( letra );
            }
        }

	// ...

        return Integer.parseInt( digitos.toString() );
    }

Ele percorre todos os caracteres da String, verificando se é um Digito e adiciona em uma variável para retornar apenas os números.

Gosto de utilizer em uma classe utilitária, conforme segue:

/**
 * Created by wolmir on 08/01/18.
 */
public class NumberUtils {

    public static Long somenteDigitos(String str) {
        StringBuilder digitos = new StringBuilder();
        char[] letras  = str.toCharArray();
        for (char letra : letras) {
            if(Character.isDigit(letra)) {
                digitos.append( letra );
            }
        }

        if ( digitos.length() == 0 )
            return null;

        return Long.parseLong( digitos.toString() );
    }

}

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